El Portsmouth F. C. de la First Division (segunda categoría de Inglaterra) le contrató para la temporada 2001-02 convencido por su presidente, camisetas futbol sevilla fc el empresario serbio Milan Mandarić. En aquel equipo que entrenaba Ignacio Eizaguirre coincidieron varios jugadores en su nivel futbolístico óptimo, una afición y un estadio que se creyeron desde el principio indestructibles con un presidente, José Salinas, que tuvo paciencia y mano izquierda. La década de los años ochenta comenzó con la retirada definitiva de la portería de José Ángel Iribar, habiendo jugado 620 partidos con el Athletic y 49 con la selección española. En aquella final el Athletic alineó al siguiente once: Zubizarreta, Urkiaga, Liceranzu, Goikoetxea, Núñez, Patxi Salinas, De Andrés, Urtubi, Dani, Endika y Argote. Además, los problemas económicos obligaron al Athletic a desprenderse de dos de sus jugadores más importantes; el portero Andoni Zubizarreta, que recaló en F. C. Barcelona, y el delantero Julio Salinas, que se fue al Atlético de Madrid.
Lo impiden una grave lesión del goleador camerunés Samuel Eto’o y un agudo descenso del rendimiento de los jugadores en el tramo final de la temporada, faltando en partidos clave. La temporada 1999-2000 supuso el principio del fin para el equipo del centenario, acabando la liga en 11.ª posición. El 24 de febrero, camiseta del athletic de bilbao se convirtió en el jugador a que más equipos convirtió gol en la historia de La Liga. Hasta ese momento, el partido había sido intenso y disputado pese a la enorme diferencia de calidad entre ambos equipos. En los dos años que estuvo Jupp Heynckes, el equipo mejoró considerablemente, ya que estuvo luchando por clasificarse para la Copa de la UEFA hasta el último momento, además de llegar hasta semifinales de la Copa del Rey.
Al año siguiente el club vasco jugó por segunda vez la Copa de Europa, siendo eliminado por el Liverpool de Ian Rush. El Athletic acabó la temporada proclamándose campeón de liga por octava vez en su historia. En 1960, el Athletic vendió al veterano defensa Garay al F. C. Barcelona por 5’5 millones de pesetas, lo que supuso la primera venta millonaria de la historia del club. Antes del primer cuarto de hora, tras un disparo de Villa al palo, Pedro recogió el rechace y le cedió el balón a Messi, que se internó entre la defensa y marcó el primer gol. Como fichaje estrella, el club se gastó 2000 millones de la antiguas pesetas (12 millones de €) en la contratación del defensa Roberto Ríos, el cual se convirtió en el fichaje más caro de la historia del Athletic.
En la siguiente temporada 2004-05, el Athletic fue de más a menos. Al final de la temporada 2002-03, falleció de cáncer el presidente Javier Uría, por lo que el vicepresidente, Ignacio Ugartetxe, tomó el mando de forma temporal. Al comienzo de la temporada 2001-02, el Athletic estrenaba nuevo presidente; Javier Uría, y nuevo entrenador; Jupp Heynckes, que realizaba su segundo ciclo en el banquillo rojiblanco. Le sustituyó Javier Clemente, camiseta deportivo de la coruña 2020 quien se sentaba por tercera vez en el banquillo rojiblanco. Cabe reseñar que en 1975, Carlos Ruiz Herrero obtuvo el último trofeo pichichi para un jugador rojiblanco. En la temporada 1967-68, el talentoso goleador del equipo, Fidel Uriarte, se hizo con el Trofeo Pichichi con tan solo 23 años. 13:00h.- Alhama de Granada.- JUNTA HOMENAJE.- La delegada del Gobierno, Sandra García, asiste al acto de reconocimiento y despedida por jubilación de José María Quiles, tras 36 años de servicio como gerente de la cooperativa Los Tajos, S.C.A.