Esa cantidad de goles lo posicionó como el máximo goleador con un solo equipo en toda la historia de la máxima competición continental europea. Fue la cuarta peor temporada de la historia del club. El 24 de noviembre, recibió su cuarta Bota de Oro. Era un justo premio a la excelente segunda vuelta de la escuadra colchonera, a falta de sólo cuatro jornadas para la finalización del campeonato. La primera vuelta se cerró el 11 de febrero de 1940. En esa fecha, el Athletic viajó a Mestalla para enfrentarse al Valencia. La segunda vuelta comenzó bien para el Athletic Aviación, venciendo por 3-1 a su homónimo bilbaíno.
Sin embargo, durante la primera mitad, Oceja cayó lesionado, inutilizando el trío defensivo bilbaíno que hasta el momento lo había estado haciendo muy bien. Parecía que iba a quedarse así el marcador, sin embargo, a falta de 3 minutos para el final del partido, Campos se sacó un disparo imparable y muy bien colocado con la zurda, que hizo el quinto de la noche. Todos los intentos fueron en vano, y el partido finalizó con el mismo marcador del descanso: 1-2. El Athletic, con 15 puntos ahora, subió un puesto más, colocándose quinto. Tras el primer gol, los athléticos continuaron dominando el partido, y los zaragozanos empleándose en defensa, con lo que el partido se volvió algo aburrido durante algunos minutos. A los 13 minutos ya estaba lanzando el tercer córner del partido, que Jorge remató y parecía que iba dentro. Premios Santander (Segunda División): abril 2016-17 Jorge Molina.
Su primer gol en la Liga de Campeones 2016-17 lo hizo el 27 de septiembre, dándole la victoria por la mínima a su club sobre el Olympique Lyon. En la segunda mitad salió más enchufado el Racing, que fue dueño del partido durante los primeros 20 minutos, pero estuvo desacertado de cara al gol. Al poco rato tomó el control del partido el Racing, pero se estrellaba continuamente con la defensa visitante y el encuentro llegó al descanso con empate a cero. Llegaron insistentemente a los dominios de Pérez, pero el Hércules estuvo muy serio en defensa y supo guardar el resultado. A falta de cinco minutos para el final, Vilanova culminó la goleada marcando el cuarto para el Hércules. Sin embargo, a falta de ocho minutos para el final, el Athletic hizo una escapada hacia la meta madridista en la que dos jugadores quedaron en fuera de juego. Sin embargo, no pudo evitar el gol de Tormo, que llegó como consecuencia de una muy buena jugada de toda la delantera alicantina.
Durante este tiempo extrarreglamentario, un corner puesto por Enrique fue rematado por Gabilondo, marcando el cuarto gol de la noche. A los diez minutos, una internada de Bachiller fue detenida por un agarrón, y el árbitro pitó un justo penalti que Enrique mandó fuera. Fue cedido al AS Roma de Luis Enrique para la temporada 2011-12, pero tampoco terminó de cuajar en su regreso al Calcio, por lo que el club no quiso contratarlo. «Muriel y Siqueira, nuevos futbolistas del Granada Club de Fútbol». Escribá respondió con Wanderson para entrar en la recta final del choque. Soriano, antes de recalar en Nervión, jugó en la cantera del Betis. A falta de un minuto para el descanso, un ataque desesperado del Madrid rebasa a los medios y el extremo izquierda, Sánchez, envía un extraordinario centro que Tabales despeja a duras penas con el puño. Finalmente, un remate de cabeza de Elícegui dio el gol de la tranquilidad y subió el definitivo 0-2 al marcador con el que los aviadores continuaban siendo líderes una jornada más, a un punto de Sevilla y Real Madrid.