El 21 de marzo de 2012, camisetas futbol anotó el gol ganador cuando derrotaron por 2-1 al Chelsea FC. Se jugó la Intercontinental habiéndose retrasado a marzo de 1975. Nuevamente se dio la situación de que el campeón europeo rechace jugar el certamen, ya que Bayern Munich le cedió su lugar al Club Atlético de Madrid. Bakero planificó la temporada 2006-07 con la idea de configurar una plantilla experimentada que evitase los problemas clasificatorios. En esa temporada el consejo de Astiazarán llegó a admitir que el club tenía una deuda de 17,3 millones de euros. Se descubrió en el Estadio una placa dedicada a la afición, se celebraron conferencias y un encuentro entre el Real Betis y el Club Universidad Nacional de México, con homenaje a las viejas glorias del equipo en el descanso. En los siguientes 6 partidos ganó sus 3 partidos en casa, derrotó al Betis en Sevilla y empató en Villarreal.
La Real necesitaba ganar en Valencia y esperar a que el Betis perdiera y el Celta no ganara. En su vuelta a Primera División, la Real Sociedad mantuvo el mismo bloque que logró el ascenso de categoría. La temporada siguiente la Real jugó por primera vez en su historia la Copa de Europa con el actual formato de Champions League. En 2009, la Real Sociedad celebraba su centenario afrontando su tercera temporada consecutiva en Segunda División. Un empate bastaba a la Real para mantener la categoría, pero una eventual derrota, unida a victorias de Zaragoza y Deportivo supondrían el descenso a Segunda División.
Una luz de esperanza llegó el día que Jean Louis Campora, cuyo padre (Charles Campora) fue uno de los fundadores del club y miembro activo de su dirigencia, tomó la decisión de participar activamente en las decisiones administrativas. De entre un elenco de buenísimos atacantes destacó sobremanera el veterano Araujo, que coló 27 dianas. En su vuelta a Primera División, la Real Sociedad mantuvo el mismo bloque que logró el ascenso de categoría y fichó a futbolistas consagrados en la élite como Raúl Tamudo o Joseba Llorente. El club desciendió a Segunda División, dejando atrás 40 temporadas seguidas en Primera. El 22 de octubre, marcó dos goles ante el Valencia Club de Fútbol en Mestalla.
El 10 de septiembre, debutó con la camiseta rojiblanca en partido correspondiente a la tercera jornada de liga, encuentro que finalizó con una derrota de su equipo por 1-0 ante el Valencia en condición de visitante. El Atlético cerró así una temporada potable, con un tercer puesto en liga y unos cuartos de final en Copa, pero con el amargo sabor de otro año sin títulos. A mitad de temporada la Real sumaba 25 puntos y ocupaba una cómoda 11ª plaza en mitad de la tabla, con nueve puntos de distancia sobre los puestos de descenso. Logró recortar 9 puntos en su lucha por la salvación hasta quedarse solo con 3 puntos de desventaja. Hasta el año 1992 sólo eran elegibles para el trofeo los futbolistas europeos de clubes que participasen en alguna de las tres competiciones europeas de clubes organizadas por la UEFA. Debido a los malos resultados y peligro de descenso, a falta de 9 jornadas, Arkonada fue sustituido por el propio director deportivo del club, José Mari Bakero, que logró reconducir in extremis la situación del equipo.
Tras una serie de malos resultados Amorrortu fue destituido como entrenador del equipo a mitad de temporada. En los 90 vinieron más extranjeros con resultados dispares, desde Aldrige siguieron Atkinson, Océano, Carlos Xabier y especialmente Meho Kodro al principio y Gica Craioveanu más tarde, cuyo rendimiento fue excelente. Los cambios más importantes se dieron en la delantera; Carlos Bueno y Emilio Nsue, que tuvieron un papel importante en el ascenso, al ser jugadores cedidos, volvieron a sus clubes de origen. José Barrena, José Luis Fernández de Castillejo y Alfonso Cruz Conde se sucedieron en la presidencia mientras que Juncosa, Roque Olsen (que era entrenador-jugador) y Diego Lozano Rodríguez fueron los inquilinos del banquillo. En enero de 2010 el club logró la salida del concurso de acreedores.