Tras el descenso a Segunda División, en la temporada 1996/97 el equipo logra la cuarta plaza de la clasificación con 66 puntos y 19 encuentros ganados, la más alta de lo que resta de década de los noventa. Será en la siguiente temporada, la 2004/05, cuando el equipo sólo consiga sumar 28 puntos del total, insuficientes para mantener la categoría, y que abocarán al club a regresar a la categoría de plata junto con el C.D. Nuevamente en junio de 2013 Andrés Iniesta evita el descenso de categoría del club al adelantar los 240.000 euros que el club adeudaba a los jugadores.
Tras la mala clasificación, la derrota en la promoción por la permanencia y cuando el club se preparaba irremediablemente para el descenso, los impagos del Sevilla F.C. En esta ocasión, en la promoción de ascenso a Segunda División, el Albacete no logrará pasar de la primera fase, al ser eliminado por el Real Oviedo por la diferencia de goles. R.C. Celta de Vigo hacen que tanto el Albacete Balompié como el Real Valladolid ocupen sus plazas respectivamente en la máxima categoría. En la campaña 1980/81, el Albacete Balompié logra hacerse con la tercera plaza de su grupo al finalizar la fase regular, aunque en la promoción de ascenso no consigue hacerse con la victoria. Malí acabó en la tercera posición en una competición que ganó la selección española. Villa superó a Raúl como máximo goleador de la selección española —el récord estaba en 44 tantos—. En la temporada 2013/14, el equipo se encontraba encuadrado en el Grupo IV, junto a otros equipos de Castilla-La Mancha como el CD Guadalajara o el albaceteño La Roda CF.
El fútbol sala o futsal se juega entre dos equipos de 5 jugadores cada uno, siendo uno de ellos el guardameta. En la temporada 2014-15 el Porto se hace con los servicios de Julen Lopetegui quien trae a numerosos jugadores españoles: Andrés Fernández Moreno, Cristian Tello, Óliver Torres entre otros. Será en la temporada de 1969/70 cuando los malos resultados deportivos avoquen al equipo a la División Regional tras las modificaciones deportivas que establecería la RFEF. En la temporada 2015/2016 tras un mal año, el equipo desciende de nuevo a Segunda División B. El club albaceteño disputó la lucha de los playoffs para volver a la categoría de plata. Albacete Balompié, dirigido por Luis César Sampedro, se convirtió en campeón de dicho grupo, tres por encima de su inmediato rival La Hoya de Lorca, uno de los equipos revelación de la categoría. En la temporada 2003/04 el Albacete Balompié milita nuevamente en la Liga de Primera División, contando como entrenador al técnico César Ferrando que había conseguido el ascenso.
A pesar de ello, el Albacete Balompié no aprovecha la oportunidad y termina la temporada como vigésimo clasificado, disputando y perdiendo la promoción por la permanencia ante el C.F. Pero nuevamente en la siguiente temporada, la 1994/95, el equipo no logra pasar de la decimoséptima plaza de la Liga y debe disputar la promoción por la permanencia ante la U.D. En la Liga 1993/94 el Albacete logra conseguir la decimotercera plaza al cosechar 35 puntos, y mantenerse en la máxima categoría del fútbol español. Él declaró que en el contrato entre la institución y él estaba estipulado que, si no clasificaban a la Liga de Campeones de la correspondiente temporada, el club lo dejaría marchar.
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