Raül Agné fue contratado como nuevo entrenador, con el que logró mejores resultados, sobre todo en el final de Liga, camiseta real sociedad 2019 y el equipo onubense se salvó. A mediados de octubre y tras un inicio bastante pobre en liga, José Domínguez fue destituido pese a tener la confianza de la plantilla. Con esta derrota se perdía la primera oportunidad de asaltar el liderato, ya que el Barcelona había empatado, y también de batir el récord de mejor inicio de la liga, cosechado por el Real Madrid con nueve victorias consecutivas. Tremendo golpe de autoridad de los de Chamartín, que se comerán el turrón con tres puntos de ventaja sobre el FC Barcelona.
El Barcelona se impuso por 3-2 al Athletic después de disputar una prórroga de 30 minutos. El Xerez anotó pronto en los minutos de tanteo y en el minuto 9 Calle logró el 0-1. Pero el Recre logró reaccionar y minutos antes de acabar la primera parte, Soriano consiguió el empate. Hubo que esperar hasta el minuto 36 para que se abriera el marcador. A lo largo de la primera y segunda vuelta fue puntuando hasta alcanzar a su rival más directo, el Xerez. La segunda vuelta se inició con un equipo más compensado y la llegada de jugadores como Joaozinho, Zelaya o Mariano Pernía. El año siguiente se configuró un equipo completamente nuevo con jugadores como Mariano Toedtli, Toño (que acabó Zamora de Segunda) o Ikechukwu Uche y con nuevo entrenador, Paco Herrera, camiseta manchester city niño que fue posteriormente destituido y suplido por Sergio Kresic. Segunda B. El Club acabó en sexta posición, con César Quesada como Trofeo Zamora.
El Club intentó aplazar el partido pero acabó por jugarse. Llegó a la jornada 41, en domingo de Pentecostés, en un partido en el Nuevo Colombino que enfrentó al Recre y el Xerez, camiseta valencia con el ascenso en juego. El Estadio Nuevo Colombino (Avenida del Decano s/n) fue inaugurado el 8 de noviembre de 2001 en un partido amistoso frente al Newcastle en el que venció el Recreativo. Javi López fue cesado el 28 de noviembre tras perder 0-2 contra la UD Salamanca en el Nuevo Colombino. Empezó la temporada con Javi López como nuevo entrenador, que procedía del Deportivo Alavés, tras descender a Segunda B la temporada anterior.
2011: Javi López – 14 partidos dirigidos. Tras un comienzo dubitativo en la temporada 2009-10, con muchos empates, encadenó una racha de partidos perdidos. Antes del comienzo de la temporada 2012-13 el club organizó un nuevo trofeo bajo la denominación de Trofeo Decano, en conmemoración de su sobrenombre como club más antiguo de España. Si en la temporada 2007/08 se salvó del descenso en la última jornada tras haber pasado apuros durante gran parte de la competición la siguiente se desarrolló con más problemas. La forma del escudo es parecido a la típica boca de casulla, pero de líneas más rectas en la parte inferior con filiera de azur (azul).