Los primeros años fueron muy positivos, logrando la clasificación al «Torneo Reducido» en tres oportunidades consecutivas; pero también estuvo cerca de descender, camiseta manchester united 2019 aunque ese riesgo no pasó a mayores. 1998/99: en la ‹Zona del Interior› termina 14º con 30 unidades, volviendo a quedar a una unidad del descenso, pero clasificando al «Torneo Reducido» en donde quedó eliminado por penales ante Cipolletti en ‹Primera Ronda›. 1999/00: en la ‹Zona del Interior› termina 7º con 43 unidades. 2000/01: en la ‹Zona del Interior› terminó 9º con 44 unidades. El «Titán» debutó cómo DT del Tomba ante Quilmes en el Estadio Malvinas en el que encuentro terminó empatado en cero. Desde la temporada 1990-91, fecha en la que entró en vigor una regulación que afectaba a los equipos filiales, estos quedaron excluidos de la participación en la competición al ser dependientes a efectos federativos de sus clubes matrices. Este partido es recordado por los simpatizantes bodegueros hasta ahora por lo que se influyó ser ‘protagonista’ del descenso de unos de sus rivales.
A falta de muy pequeños detalles, solo faltaba rubricar con las firmas el acuerdo de refinanciación de las deudas tanto del club como de la Fundación con Bankia, y la compraventa de las acciones de la Fundación a Meriton. El equipo «tombino» cerraría un «Torneo Final» más que aceptable, con 29 puntos y en el sexto lugar, una de las mejoras campañas de Godoy Cruz en «Primera División». Tras las malas actuaciones del equipo bajo su mando y ya consumado el «Apertura 2009» la Comisión Directiva del club decide despedir a Enzo Trossero. Por el «Torneo Clausura» obteniendo 25 puntos, el resultado fue bueno, y logró generar una confianza luego del agónico triunfo de visitante frente a River Plate.
Sin embargo Maradona quería ser transferido a Boca Juniors, un club que pasaba por una mala situación económica y no se encontraba en condiciones de comprar su pase. Ronald Koeman ganó la final (3-1 al Getafe), pero a la semana siguiente fue destituido por ser incapaz de remontar en la Liga. ↑ «Unzué vuelve a ser el entrenador de porteros». ↑ «El agente de Abdennour confirma contactos con el Barça». ↑ «España, cuando no se jugaba nada, jugó bien y le cerró el paso a Inglaterra». Su técnico, Daniel Oldrá, decide dar un paso al costado para seguir con su gran trabajo en las divisiones inferiores del club. 2009/10: para la temporada siguiente en la «Torneo Apertura 2009», no logró perdurar más de un torneo dado que no hubo una buena convivencia entre el plantel, cuerpo técnico, directivos y aficionados. En 2015, alrededor de 70.000 aficionados se movilizaron a Barcelona para la previa de la final de la Copa ante el FC Barcelona.
En la Liga de Campeones, el FC Barcelona es eliminado, en semifinales, por el Valencia CF que, posteriormente quedaría subcampeón al perder con el Real Madrid en la final de París. En los últimos partidos de Liga, también debutan oficialmente en el primer equipo hasta nueve jugadores del Barcelona B: Rodri, Jordi, Montañés, Ludovic Silvestre, Olmo, Orlandi, Martos, Ramón y Pitu. Además de los jugadores nombrados anteriormente, también fueron parte de ese ascenso Cristian Aracena, Benjamín Carabajal, Pablo Paez, Enzo Cappa, Javier Castro, Alejandro Abaurre, Julio Mugnaini, David Fernández, Cristian Ruiz, comprar camiseta inter de milan 2019 y Lucas Javier Martínez. Godoy Cruz ganó el clásico por 1-0 con gol de Abaurre, con este resultado, el Expreso condena a los Azules a jugar al «Argentino A» de la posterior temporada. En su primera temporada actuó solo como futbolista, pero en la segunda lo hizo ya como entrenador-jugador.
Ya con más tiempo para decidir y a pocos días del inicio de la pretemporada de verano, es contratado Omar Asad como nuevo director técnico. En el inicio de la temporada 2016, Godoy Cruz realizó un gran primer semestre aprovechando un torneo corto que se jugó por 2 zonas de 15 equipos cada uno. Recién en junio —al inicio de sus vacaciones— pasó por el quirófano. A su lugar, lo remplaza Gabriel Heinze, que viene de debutar como entrenador en Godoy Cruz, el 15 de junio. AFA —luego de que Talleres de Córdoba disputara la edición del «2002»—, y el primer equipo mendocino en lograrlo. David Villa logró por tercera vez en cuatro años el trofeo del Diario Marca al mayor goleador español del campeonato.