Fue en la Europa League en la que el Athletic escribió una de las páginas doradas de su historia, consiguiendo acceder a las eliminatorias como primero de grupo sin perder ningún partido. En el partido de vuelta un gol de Muniain en la segunda parte otorgaba la clasificación al Athletic. Muniain hizo el tercero y Rooney acortó distancias sobre la bocina de penalti. De esa forma, un Athletic que comenzó la temporada ilusionado con un equipo lleno de internacionales, finalizó en puestos de descenso y aparentemente condenador a abandonar la máxima categoría del fútbol español, tras cuatro años luchando por recuperarla.
Ya en el Campeonato Europeo Sub-17, Nasri ayudó al equipo al marcar el gol que empata el partido frente a Portugal durante las semifinales de la competición. El primer partido se jugó en el Camp Nou con resultado de empate a cero. El 16 de septiembre de 2013 se jugó el primer partido en el nuevo San Mamés, un partido de Liga contra el R. C. Celta de Vigo que terminó con el resultado de 3-2 a favor de los locales. El partido de ida se disputó en Old Trafford, el escenario perfecto para mostrarse ante toda Europa como un serio candidato al título. Fue elegido en 2014 por el Centro Internacional de Estudios del Deporte segundo mejor centrocampista ofensivo de Europa, también fue escogido como premio Puskás del Mundial de ese año.
El centro del campo, para acompañar a Mendieta, se reforzó con el veterano Luis Milla y el sueco Stefan Schwarz para suplir la marcha de Fernando, y se consolidaron en el primer equipo Farinós y Juanfran García. El equipo ganó 5-2 al Real Betis tras remontar el gol inicial de Nabil Fekir, con 2 goles del nuevo fichaje Antoine Griezmann y el primer gol de Carles Pérez en el club. Y finalmente, con la marcha de Fernando Llorente a la Juventus y la de Fernando Amorebieta al Fulham F. C., dos baluartes del equipo rojiblanco estas últimas temporadas. Se marcha David Mateos y entra Armando.
Si bien parecía todo más tranquilo, la prensa empezó a hacerse eco de una posible marcha de Javi Martínez al Bayern de Múnich. Uniforme titular: Camiseta blanca con una banda roja cruzando de izquierda a derecha, pantalón negro y medias negras. Su uniforme es azul con vivos blancos. Durante aquel verano, a pesar del mal momento que vivía el equipo, la nueva Junta Directiva se dedicó a preparar con entusiasmo la nueva temporada en Segunda, con la única meta en mente de conseguir de nuevo el ascenso. Fue la primera temporada con vallas en El Arcángel, obedeciendo a la nueva reglamentación vigente. Por el contrario, en enero de 2011 debutó otra nueva promesa, en este caso era un central de 22 años llamado Borja Ekiza, y al igual que Aurtenetxe, también se hizo con la titularidad absoluta desde el primer partido. El partido de vuelta en San Mamés fue dominado de cabo a rabo por los locales.