Después del sorteo, Nadal quedaba situado en la misma parte del cuadro que el croata Marin Cilic y el suizo Roger Federer, camiseta atletico de madrid 2019 además de un posible enfrentamiento ante el joven australiano Nick Kyrgios en segunda ronda. Nadal partía como cabeza de serie número 2 y quedaba situado en la parte baja del cuadro, con posibles enfrentamientos en cuartos de final ante el japonés Kei Nishikori y en semifinales ante el suizo Roger Federer. Incidencias: Partido disputado en el estadio Ramón Sánchez Pizjuán ante unos 30.000 espectadores. Posteriormente Nadal renunciaba al partido por el tercer puesto ante el ruso Karen Jachánov por precaución.
A pesar de estos problemas, el club logró el primer puesto en la fase de grupos de la Champions League, por delante del Arsenal, cayendo posteriormente en octavos por penaltis ante el Fenerbahçe. «Evedasto Lifante decide no continuar al frente del Ciudad». A pesar de los esfuerzos el equipo fue mediocre e irregular, cayendo en Copa en casa frente a Las Palmas de segunda división al dejarse remontar la victoria 0-2 en la ida y caer en los penaltis. El sábado 19 de octubre, ya recuperado totalmente de la lesión, se casa con su novia de toda la vida, Maria Francisca «Xisca» Perello, en Mallorca.
El 24 de octubre, regresa a la competición poco más de 1 mes después de Laver Cup en un partido de exhibición en Astana, Kazajistán, contra Novak Djokovic, al que vence por 6-3, 3-6 y 11-9 en el supertiebreak. Con 5-3 y restando, Nadal tuvo 2 puntos de partido pero no los convierte. Nadal reaparecía en el Torneo de Acapulco (ATP World Tour 500) un mes después de su derrota en Australia. El domingo 26 de mayo arrancaba el segundo Grand Slam de la temporada: Roland Garros donde apunta a un duodécimo título, el tercero consecutivo, con 1 solo título esta temporada, obtenido en Roma una semana antes del torneo.
Esta además fue su primera derrota en 4 años y 18 partidos en el principado, logrando una racha de 25 sets ganados de manera consecutiva. Después del partido, Nadal admite que este es uno de sus peores partidos en tierra batida desde el comienzo de su carrera. El español sumaba una nueva semifinal de Grand Slam a su carrera, la número 33 en su carrera (tercera marca histórica, sólo por detrás del suizo Roger Federer y el serbio Novak Djokovic) y la octava en el US Open. Después de una semana de descanso y con el objetivo de mejorar sus prestaciones, Nadal participaba en el siguiente Masters 1000 de la temporada: Madrid, aunque disminuido por un virus gástrico. Tras renunciar al Masters 1000 de Cincinnati, Nadal tomaba rumbo hacia Nueva York para disputar el último Grand Slam de 2019: el US Open. 4 finales en fila (2012, 2014, 2017 y ahora 2019), de su décimo octavo Grand Slam y estableciendo además el head-to-head particular entre ambos en 25-28 favorable al serbio.