De confirmarse la alineación indebida, el Tenerife perdería los tres puntos, Sevilla FC lo cual beneficiaba tanto al club sevillano como al madrileño. Este resultado los sacaba de nuevo de los puestos de descenso, situándose decimoséptimos con 13 puntos, a 8 del Córdoba, que ocupaba la tercera posición. Esta derrota los descendió hasta la séptima posición, pero por suerte la tercera plaza, ocupada por el Betis, continuaba a cuatro puntos. El capitán del Betis, Merino, afirmó que muchos jugadores del Sporting de Gijón se habían sentido presionados. Los jugadores lloraron tras aquel partido por las fuertes emociones vividas en los últimos tiempos.
Éibar que estuvo con diez jugadores desde el minuto 24. En el minuto 21, Salva se adelantó a la defensa rival tras el saque de un córner y aprovechó la salida en falso de Jáuregui para marcar de gran cabezazo. Tras el descanso, en el minuto 56, el Recreativo se encontró rápidamente con un buen cabezazo de David que se convirtió en gol. En el minuto 38, la remontada se culminó con un penalti sobre Hibic que transformó Salva. Sin embargo, en el minuto 37, Correa tocó en el primer palo tras un córner e Hibic cabeceó en el segundo para devolver las tablas al marcador.
Caparrós, técnico del Sevilla, afirmó de forma tajante que una de las plazas de ascenso sería para el Atlético. De vuelta a la Liga, el 4 de mayo, en la trigésimosegunda jornada, el Atlético perdió 3-1 ante el Valladolid en el Nuevo Estadio José Zorrilla. El club consiguió el ascenso tras una victoria en el estadio del CD Leganés, quedando finalmente campeón de segunda división. La primera temporada en Segunda División B estuvo marcada por los problemas económicos y con el estadio. Badajoz en el Estadio Nuevo Vivero en el Trofeo Ciudad de Badajoz. Sin embargo, a pesar de ser un estadio moderno para la época se encontraba alejado de Bilbao y el club, en pleno crecimiento, buscaba tener un campo propio en la misma villa. Pero en el 89, cerca del descuento, un potente saque de falta lanzado por Mena desde unos 40 metros no pudo ser despejado por César, y supuso el gol del empate.
El equipo se volcó sobre la portería contraria, especialmente durante el descuento, tras la expulsión de Benja, pero el resultado no se volvió a mover. El año 2001 comenzó eliminando al Osasuna en Copa, encadenando ya una racha de cuatro victorias consecutivas, que se rompió en la décimonovena jornada de Liga al empatar contra el Albacete con resultado de cero a cero. Al año siguiente jugó por primera vez la Copa Interamericana ante el campeón de la CONCACAF, el Club Deportivo Olimpia de Honduras. Al final solo pudo revalidar el título por Copa del Rey, ya que pierde La Liga ante el Real Madrid en la última fecha.
El 28 de julio, el Atlético de Madrid disputó su primer partido de pretemporada. El Atlético se mostró terrible en todas sus líneas y dio al Rayo un baño de autoestima que le sirvió para marcar dos goles más. Alcalá de Henares en el Municipal El Val, en el que fue el segundo partido de su pretemporada, con goles de García Calvo, Colsa y Diego Alonso. Centró a Salva, que se encontraba solo, y el delantero definió ante el guardameta para marcar el segundo. El Atlético de Madrid hizo pública una nota en la que anunció que desde aquel momento denunciaría ante los Tribunales de justicia a todas las personas que realizasen comentarios malintencionados sobre la entidad rojiblanca.