Con el club ya en manos del máximo accionista y presidente, Juan Soler, se incorporan al equipo, gracias al trabajo del director deportivo Javier Subirats, futbolistas como David Villa, Patrick Kluivert, camiseta del manchester united 2020 Miguel Brito o Edu. Eto’o y Deco y el equipo, entrenado por Frank Rijkaard, consigue ganar dos ligas españolas consecutivas y una Liga de Campeones, y la masa social del club supera por primera vez en la historia la cifra de los 140.000 socios. En el torneo de Primera División 1942 finalizó en la 9º posición y por primera vez en el profesionalismo tuvo una diferencia de gol negativa, cerrando la peor campaña hasta el momento. Fue la jornada 36 y de nuevo ante el RCD Español, esta vez en Mestalla. Incidencias: Partido de la segunda jornada en el Grupo C de la Copa de la UEFA. El club intenta jugar competición europea disputando la Copa Intertoto pero se queda a las puertas de conseguirlo frente al Hamburgo SV.
En la Copa de la UEFA alcanzó los cuartos de final, donde fue eliminado por el Inter de Milán en una igualada y vibrante eliminatoria, en la que terminó defendiendo la portería italiana el ex-valencianista Farinós. En verano de 2005 llega Quique Sánchez Flores tras una gran campaña en el Getafe CF, con el fin de tratar de devolver al Valencia a la Liga de Campeones. Mendieta adelantaba al Valencia de penalti con el gol más rápido en la historia de las finales de la Liga de Campeones de la UEFA, a los 3 minutos de juego. La desastrosa campaña 2007/08 pasó a la historia negra del valencianismo con un final agridulce por la conquista de un título.
Una de las victorias se convirtió en la mayor goleada a domicilio conseguida por el Valencia en toda su historia en esta competición, un 0-5 al Sturm Graz. En la primera liguilla en el grupo C el Valencia quedó emparejado junto a Olympique de Lyon, Olympiacos y Heerenveen. Venció 2-0 al Olympiacos en Mestalla, 0-1 al Heerenveen en Holanda, 1-0 al Olympique en Mestalla. El Valencia necesitaba ganar para seguir con posibilidades de victoria y al descanso el equipo se encontraba con un marcador de 0-1 en contra y con Amedeo Carboni expulsado. El entrenador escogido para dirigir al Valencia fue un casi desconocido hasta el momento, el madrileño Rafael Benítez procedente del CD Tenerife, camiseta inter de milan recién ascendido de la Segunda División. Se contrata a Miguel Ángel Ruiz para ese cargo y se decide la continuidad de Quique Sánchez Flores a pesar de la negativa dinámica interna que estaba llevando el vestuario y de la falta de sintonía entre entrenador y afición.
La afición se encontraba dividida entre partidarios del italiano o del entrenador. El aumento de fama y, en consecuencia, del número de seguidores del equipo provocó que los dirigentes valencianistas además de aumentar la junta directiva buscaran terrenos en venta para construir un nuevo campo para el equipo. Está volcándose el equipo de Lopetegui. ↑ «El Valencia CF crea su equipo de eSports». Tras un inicio dubitativo, el equipo logró centrarse en su único objetivo y consiguió quedar 3º, con Villa como goleador destacado con 25 goles. En la segunda ostentó números europeos y mejoró considerablemente el apartado goleador (3-0 al Atlético de Madrid, 2-3 al Athletic Club en San Mamés o el 5-0 al Villareal). Además, los problemas económicos obligaron al Athletic a desprenderse de dos de sus jugadores más importantes; el portero Andoni Zubizarreta, que recaló en F. C. Barcelona, y el delantero Julio Salinas, que se fue al Atlético de Madrid.
En el Grupo I, El Atlético B y Atlético Baleares seguirán coliderando en la tabla. Se clasifició como primero de grupo gracias a 3 victorias y 3 empates, y con los mismos puntos que el Manchester United (12 puntos), pero con mejor gol-average. Gracias a la información que aparece en la prensa de la época ha sido posible acceder a numerosos datos de otra sociedad deportiva creada en este año. Contra todo pronóstico el Valencia conisguió una agónica victoria gracias a un gran gol de cabeza del noruego John Carew que batió a David Seaman y clasificó al Valencia. En la ida en Highbury Park el 4 de abril se adelantó el Valencia con una volea de Ayala, pero remontó el Arsenal con dos goles de Thierry Henry y Ray Parlour. Algunos de los futbolistas clave de estos éxitos fueron Pablo Aimar, Vicente Rodríguez, David Albelda, Rubén Baraja, Mista, Xisco, Fábio Aurélio, Curro Torres, Carlos Marchena, Roberto Ayala, Amedeo Carboni, Ricardo Oliveira, Mauricio Pellegrino y Santiago Cañizares.
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